Marvel Super War cũng giống như các trò chơi MOBA khác ở chỗ người chơi có thể lựa chọn giữa nhiều chế độ chơi khác nhau, thường là 5v5 và các nhân vật bao gồm 6 loại: chiến binh, năng lượng, thiện xạ, sát thủ, đỡ đòn và hỗ trợ. Người chơi có thể chơi đơn hoặc mời thêm người chơi khác để ghép thành đội và tổ hợp 2 đội đấu. Trong trận, mỗi người chơi có thể chọn 2 trong số 10 chiến thuật có sẵn trong trò chơi để hỗ trợ nhân vật đã chọn.

Người chơi cũng có thể sử dụng Power Cores, có 3 lõi hỗ trợ trong đó mỗi lõi chính bao gồm 6 loại lõi, dựa trên 6 viên đá vô cực. Mỗi Power Core có kết quả khác nhau cho mỗi người chơi tùy thuộc vào lớp.

Giống như các trò chơi khác, mục tiêu chính của trò chơi là phá hủy căn cứ của kẻ thù. Bản đồ trò chơi lấy bối cảnh ở Wakanda. Người chơi có 2 vạch: xanh lục cho HP (sinh lực và xanh dương cho MP (năng lượng). Có 2 loại nâng cấp: nâng cấp xanh và đỏ có sẵn trong trò chơi để cải thiện lối chơi. Giữa khu vực của mỗi đội là 2 quái vật sẽ xuất hiện sau một khoảng thời gian sau khi trò chơi bắt đầu là Avatar of Bast và Surtur. Người chơi có thể đánh bại một hoặc cả hai để cấp thêm các phép bổ trợ cho đội của họ. Người chơi cũng có thể triệu hồi Surtur để nhanh chóng tấn công căn cứ địch.

Phiên bản cập nhật gần đây cho phép người chơi triệu hồi Galactus bằng cách đáp ứng giới hạn cụ thể bên dưới màn hình. Sau khi đạt đến giới hạn cuối cùng, Galactus sẽ xuất hiện và thực hiện một vụ nổ năng lượng vũ trụ vào tháp pháo và/hoặc căn cứ của phe còn lại gây sát thương hoặc thậm chí phá hủy tháp pháo và/hoặc căn cứ của phe còn lại. Vụ nổ vũ trụ cũng có thể gây sát thương nếu người chơi bị lọt vào khu vực xảy ra vụ nổ. Nếu Galactus phá hủy căn cứ của kẻ thù, cả đội sẽ giành chiến thắng.

Các chế độ trong trò chơi:

Đấu thường: người chơi có thể chơi đơn hoặc mời những người chơi khác bất kể thứ hạng để ghép thành đội và tổ hợp 2 đội đấu.

Chế độ xếp hạng: người chơi có thể chơi đơn hoặc mời thêm người chơi khác dựa trên thứ hạng hiện tại của người chơi để ghép thành đội và tổ hợp 2 đội đấu, các thứ gồm Thần đá, Bạc cao cấp, Vàng bất tử, Bạch kim lộng lẫy, Kim cương bất khả chiến bại, Anh hùng bất khả chiến bại, Bậc thầy huyền thoại và Kẻ thống trị tối cao.

Đấu với máy (PvE): cũng là chế độ 5v5 nhưng là đấu với máy, gồm các độ khó dễ, thường và khó.

Free-for-All: tương tự như chế độ thường ngoại trừ bản đồ là tuyến tính, người chơi không thể hồi máu trong căn cứ và không thể nâng cấp vật phẩm trừ khi bị hạ.

Battle for Vibranium: người chơi cần thu thập Vibranium, được cất giữ trong 3 lõi khác nhau, và bỏ vào đúng hộp.  Người chơi có thể thu thập Vibranium bằng cách lấy nó thông qua lõi tương ứng của họ hoặc đánh cắp nó từ đội đối phương bằng cách hạ gục đối thủ. Đội đầu tiên thu thập đủ 1000 Vibranium sẽ giành chiến thắng.